Первый сезон выпущен в эфир в декабре 1987 года. Первый сезон состоит из пяти эпизодов, которые стали пилотными. Во всех эпизодах первого сезона Технодром располагается под Нью-Йорком. Краткий список серий: 1. По следам черепашек Нью-Йорк переживает волну преступности. Репортер Эйприл О'Нил обнаруживает воров являющихся ниндзя. Уличная банда нападает на Эйприл, она сбегает в канализацию, где её спасают черепашки. От их вида она падает в обморок, и черепахам не остается ничего другого, как отнести её к себе на базу...

Во второй серии заражённый вирусом Микеланджело с сыновьями Коронавируса попробует захватить и заразить Леонардо,Рафаэля и Донателло.Но получится ли это у них и как будут противостоять злостному вирусу наши любимые герои...