Первый сезон выпущен в эфир в декабре 1987 года. Первый сезон состоит из пяти эпизодов, которые стали пилотными. Во всех эпизодах первого сезона Технодром располагается под Нью-Йорком. Краткий список серий: 1. По следам черепашек Нью-Йорк переживает волну преступности. Репортер Эйприл О'Нил обнаруживает воров являющихся ниндзя. Уличная банда нападает на Эйприл, она сбегает в канализацию, где её спасают черепашки. От их вида она падает в обморок, и черепахам не остается ничего другого, как отнести её к себе на базу...
Спустя год после битвы на вершине Сакс-Тауэр, четверо братьев-черепашек: Леонардо (Лео), Донателло (Донни), Микеланджело (Майки) и Рафаэль (Раф) продолжают жить беззаботной жизнью подростков-ниндзя. Чтобы не раскрывать себя, они договорились о том, что лавры человека, остановившего Эрика Сакса и Клан Фут со Шреддером во главе, присвоит себе Вернон Фенвик. Он получает «Ключ от Города» и становится популярной медиа-звездой по кличке «Сокол». Каждого из черепашек-ниндзя тяготит то, что они не могут...