Давным-давно в глубине японских лесов, где таинственные и мистические силы пронизывали природу, обитали обычные морские черепахи. Эти черепахи жили спокойной жизнью, плавая в воде и загорая на солнце. Но однажды в их мире произошли огромные изменения, и началась новая эпоха легендарных Черепашек-Ниндзя. Началом послужило падение таинственного метеорита, недалеко от места пребывания черепашек, в обломках которого были обнаружены четыре странных амулета, которые излучали радиоактивные частицы. В то же время от них исходило невообразимое свечение и невероятная энергия...

Маленькая Черепашка, еще совсем юная и полная неуемной энергии, мечтает стать настоящим героем, как ее старшие братья. Она усердно тренируется, но иногда ее неопытность и импульсивность приводят к забавным, а порой и опасным ситуациям. Однажды, во время очередного патрулирования канализации, Маленькая Черепашка случайно обнаруживает древний артефакт, который, как оказалось, обладает невероятной силой. Но вместе с этим артефактом она привлекает внимание коварного и могущественного врага – зловещего Шреддера, лидера клана Фут...