Второй сезон частично основан на сюжетной линии The Six Arms Saga серии комиксов The Amazing Spider-Man. В отличие от первого сезона, второй сезон уже имеет официальное название. Он более упорядоченный и представляет из себя одну большую историю о том, как Человек-Паук переживал некий Неогенный кошмар — превращаясь в Сверхпаука (настоящего гуманоидного паука), он терял силы, и его структуры клетки — ДНК постоянно менялись, что было весьма неприятно, несмотря на то, что ему уже давно было ясно, что он — мутант...

На протяжении многих лет в Marvel появлялись знаковые персонажи, в том числе Капитан Америка, Железный человек и Невероятный Халк, но нет никаких сомнений в том, что их самый успешный персонаж - это Удивительный Человек-паук. История подростка Питера Паркера, которого укусил радиоактивный паук, превратив его в Человека-паука, полюбилась с момента его создания. С любовью к персонажу пришли видеоигры, фильмы и, конечно же, мультсериалы, которыми каждое поколение могло наслаждаться на протяжении десятилетий...