Второй сезон частично основан на сюжетной линии The Six Arms Saga серии комиксов The Amazing Spider-Man. В отличие от первого сезона, второй сезон уже имеет официальное название. Он более упорядоченный и представляет из себя одну большую историю о том, как Человек-Паук переживал некий Неогенный кошмар — превращаясь в Сверхпаука (настоящего гуманоидного паука), он терял силы, и его структуры клетки — ДНК постоянно менялись, что было весьма неприятно, несмотря на то, что ему уже давно было ясно, что он — мутант...

В финале мультфильма «Человек-паук: Паутина вселенных» намекнули на то, что в продолжении появится команда злодеев Зловещая шестерка. По сюжету мультика Человек-паук/ Майлз Моралес (далее в тексте спойлеры) оказался на базе Общества Пауков. Команда Паучков во главе с Человеком-пауком 2099/ Мигелем О’Харой следит за мультивселенским равновесием. На базе Майлз узнал, что его отец Джефферсон Дэвис может погибнуть из-за злодея Пятна, который умеет создавать межпространственные порталы. Мигель рассказал...