В настоящее время в аниме-сериале, Борутто и его наставник Саске Учиха, случайно отправились в прошлое, преследуя врага из другого измерения Урашики Ооцуцуки. Они попадают во времена молодого Наруто в момент начала его истории и начинают сталкиваться с более молодыми версиями основных героев. Боруто встречает своих родителей, Саске натыкается на свою молодую жену. Таинственный артефакт в виде черепахи объясняет Боруто и Саске правила путешествий во времени. Нельзя делать ничего, что могло бы повлиять на будущее, не связываться с близкими и оставаться незаметными...

Боруто и Наруто - продукты своего времени, и мир вокруг них тоже изменился со временем. Мир, изображенный в Наруто, был опасным местом, юному Узумаки и его сверстникам приходилось сталкиваться с почти постоянными угрозами всякий раз, когда они выходили за пределы деревни...