Леонардо, Рафаэль, Микеланджело, Донателло и Сплинтер — это все имена четырех черепашек и крысы, которые являются подопытными в эксперименте одного ученого. Он создает особый мутаген, который способен изменить живых существ до неузнаваемости. Конечно же, он человек добрый и верит, что его исследования, способны изменить мир к лучшему. Вот только руководство, что стоит в тени, думает иначе. Злобный клан Фут, под управлением могущественного злодея Шредера, при помощи этого средства, планирует захватить город...