Злодейка девяносто девятого уровня раскрывает сложности самосознания вымышленных персонажей, что является редкостью для аниме о злодеях. Этот сериал стал настоящим свидетельством того, что происходит, когда персонаж-антагонистка из мира исекай оказывается в мире отомэ-игры или романа, где она должна стать злодейкой. В большинстве подобных аниме обычно фокусируются на переживаниях главной героини, которая из реального мира попала в вымышленный, но "Злодейка 99 уровня" углубляется в сознание другого игрового персонажа, не связанного с реальным миром...

Главный герой Господин Злодей, высокий, стройный, с небрежной копной волос и адским взглядом. У него выходной и единственное, что он хочет, это отдохнуть. Любимое увлечение у Владыки тьмы, поход в Зоопарк, где живут милые панды. Из-за своего статуса, Господин Злодей должен скрываться и тщательно планировать свои выходные, чтобы никто его не потревожил, а сам он максимально насладился временем, проведённым вне работы. В этом мире, есть спасители - рейнджеры. Они борются в силами зла, во имя мира...