Событие второй части манги происходит спустя два с половиной года их странствий с Дзирайей. Вернувшийся в Коноху и повзрослевший Наруто стал более сильным и умным, но, в отличие от сверстников, остался в звании гэнина. Первой крупной миссией стало спасение похищенного группировкой Акацуки Гаары: в то время как Сасори был уничтожен Сакурой и Тиё, Наруто вместе с Какаси преследовал Дэйдару, которому всё-таки удалось сбежать, сымитировав свою смерть. Ослабленный использованием в погоне сярингана Какаси...

Эпизод 41 "Начало сверхсекретной миссии" "Гениальные" действия опытных шиноби Начало серии пахнет настоящей порцией "испанского стыда". Отличились у нас Сакура и Кабуто. В первую очередь - Кабуто: парень только что видел, как хорошо полетал его хозяин, но тем не менее, решил действовать. Действие же заключалось в том, что бы побежать "в лоб" на монстра с чудовищной чакрой, активировав лишь Скальпель Чакры на правой руке. Кстати, стоит сказать, что может в теории план был не самый худший. Во-первых...