Событие второй части манги происходит спустя два с половиной года их странствий с Дзирайей. Вернувшийся в Коноху и повзрослевший Наруто стал более сильным и умным, но, в отличие от сверстников, остался в звании гэнина. Первой крупной миссией стало спасение похищенного группировкой Акацуки Гаары: в то время как Сасори был уничтожен Сакурой и Тиё, Наруто вместе с Какаси преследовал Дэйдару, которому всё-таки удалось сбежать, сымитировав свою смерть. Ослабленный использованием в погоне сярингана Какаси...

Эпизод 46 "Незавершённая страница" Правда А точнее, правдой закончилась предыдущая серия, но всё таки... Ямато сообщает Наруто, что это он ранил Сакуру, после чего у блондинчика в голове мелькают "вьетнамские" флешбэки об аналогичной ситуации с Джирайей. И тут возникает вопрос - а Наруто осознавал, что тогда Джирайю ранил ОН или же Джирайя опять умолчал(в своём стиле) об истинной природе вещей? Сама вставка этого флешбэка может означать не только то, что он вспомнил, что с ним уже такое было, но и то, что он только сейчас всё понял...