Событие второй части манги происходит спустя два с половиной года их странствий с Дзирайей. Вернувшийся в Коноху и повзрослевший Наруто стал более сильным и умным, но, в отличие от сверстников, остался в звании гэнина. Первой крупной миссией стало спасение похищенного группировкой Акацуки Гаары: в то время как Сасори был уничтожен Сакурой и Тиё, Наруто вместе с Какаси преследовал Дэйдару, которому всё-таки удалось сбежать, сымитировав свою смерть. Ослабленный использованием в погоне сярингана Какаси...

Эпизод 35 "Нежелательное пополнение" Сай. Общение А Сай продолжает отжигать по полной в своей невозмутимой дерзости. Наруто, увидев нового члена команды, тут же тычет в него пальцем, рассказывая Сакуре, дескать вот он не так давно напал на них с ребятами(от чего Сакура тут же переходит в боевой режим, грозно зыркая на парня, что говорит о высоком кредите доверия к словам Наруто), и обратите внимание на постановку речи Сая: В результате - в шоке уже Наруто, его агрессия сменяется на растерянность, что он уже не рвётся в бой, а Сакуру теперь приходится сдерживать Ямато...