Эпизод 101 "Всеобщие чувства"; Эпизод 102 "Реорганизация!"; Эпизод 103 "Четырёхугольный запечатывающий барьер"; Эпизод 104 "Разрушая элемент кристалла"; Эпизод 105 "Битва за барьер"; Эпизод 106 "Красная камелия"; Эпизод 107 "Странные союзники"; Эпизод 108 "Ориентир камелии"; Эпизод 109 "Контратака Проклятой печати"; Эпизод 110 "Чувство вины"; Эпизод 111 "Нарушенное обещание"; Эпизод 112 "Место, куда можно вернуться"; Продолжаем и завершаем филлерную арку. Ссылка на часть 1. Эпизод 101 Наш дружелюбный и благородный Наруто вновь всё решает за других, полагая что Юкимару нужно забрать в Лист...

Событие второй части манги происходит спустя два с половиной года их странствий с Дзирайей. Вернувшийся в Коноху и повзрослевший Наруто стал более сильным и умным, но, в отличие от сверстников, остался в звании гэнина. Первой крупной миссией стало спасение похищенного группировкой Акацуки Гаары: в то время как Сасори был уничтожен Сакурой и Тиё, Наруто вместе с Какаси преследовал Дэйдару, которому всё-таки удалось сбежать, сымитировав свою смерть. Ослабленный использованием в погоне сярингана Какаси...