Хотару Такэгава живет в шумном городе Токио. Родители привозят ее каждое лето в деревню к дяде, где она может насладиться чистым воздухом, красивой природой и чудной тишиной. В шестилетнем возрасте она однажды заблудилась в лесу. Она готова была расплакаться от испуга, как вдруг из чащи леса вышел юноша с маской на лице и чудесными серебряными волосами. Это был лесной дух Гина. Он проводил Хотару из леса домой, но предостерег от прикасания к нему. Как оказалось, на нем лежит страшное проклятье...

В лес где мерцают светлячки — короткометражное аниме начинается с превосходного пейзажа, тумана над горами и озером в котором цветут необычайно красивые лилии. Каждое лето нечто тянет милую девушку Хотару при поездке к дедушке ходить в лес, где живут духи. Там она встречает одного лесного жителя по имени Гин, который когда то помог ей выбраться из леса в котором она потерялась. Его отношение к ней по началу было не самым доброжелательным, но и его можно понять, они обязаны избегать людей...