Студия была основана бывшими сотрудниками Gainax 11 сентября 1992 года. За это время студия Gonzo выпустила такие аниме, как NHK ni Youkoso! (Добро пожаловать в NHK), первый сериал по манге Hellsing, аниме-сериал и фильм Afro Samurai, аниме-адаптацию ранобэ Full Metal Panic! (Стальная тревога!), аниме-сериал по манге Gantz и множество других известных и менее известных работ...