Итак завязочка о девушке, что попадает в игру в роль Алисии злодейки всей саги.  Однако, дева о том и мечтала стать лучшей злодейкой. Для этого героиня грязёт гранит науки и просит братьев обучиться драться на мечах. Братья Генри, Алан и Эдвард против. Но Алисию не остановить поэтому она демонстрирует свой серьёзный настрой. Немногого о мире игры в которой происходит действие. Принц был впечатлён семилетней девчушкой. Король прознав про самородок семьи Уильямсов, позвал Алисию на встречу. Задал девчули вопросы про королевство и получил дерзковатые ответы, что его впечатлили...

Злодейка девяносто девятого уровня раскрывает сложности самосознания вымышленных персонажей, что является редкостью для аниме о злодеях. Этот сериал стал настоящим свидетельством того, что происходит, когда персонаж-антагонистка из мира исекай оказывается в мире отомэ-игры или романа, где она должна стать злодейкой. В большинстве подобных аниме обычно фокусируются на переживаниях главной героини, которая из реального мира попала в вымышленный, но "Злодейка 99 уровня" углубляется в сознание другого игрового персонажа, не связанного с реальным миром...