Сюжет аниме «Добро пожаловать в класс превосходства» нельзя назвать оригинальным. Герои истории – обычные школьники, а действие происходит в недалеком будущем. Единственное существенное отличие – ученики не обладают суперспособностями, главные достоинства – ум, сообразительность и смекалка. Школа Кодо Икусэй создана правительством для воспитания элиты. Сюда попадают лучшие, но и здесь не удается избежать конкуренции. Ученики распределены по классам. Киетака Аянокодзи попадает в худший – 1 D, но у него появляется шанс все исправить...

Сюжет разворачивается вокруг знаменитой школы Кедо Икусей, где учатся талантливые и умные ученики. Однако школа не так проста, как все остальные, в ней классы поделены на рейтинги и ранги. Начинается с класса D где учатся, самые худшие ученики школы до класса A, где учатся самые талантливые. Главным персонажем перед нами предстает ученик Кийотака Аянокоджи, который провалил экзамены и попал в класс D, с первого взгляда обычный и ни чем не примечательный ученик. Но, внутри он совсем другой хладнокровный, тихий и рассудительный человек...