Злодейка девяносто девятого уровня раскрывает сложности самосознания вымышленных персонажей, что является редкостью для аниме о злодеях. Этот сериал стал настоящим свидетельством того, что происходит, когда персонаж-антагонистка из мира исекай оказывается в мире отомэ-игры или романа, где она должна стать злодейкой. В большинстве подобных аниме обычно фокусируются на переживаниях главной героини, которая из реального мира попала в вымышленный, но "Злодейка 99 уровня" углубляется в сознание другого игрового персонажа, не связанного с реальным миром...

В далеком царстве, где бушевали магические силы и воины сражались за своих королей жила принцесса Алисия. Она была прекрасна и необыкновенно талантлива. Её главным увлечением было выращиванием цветов в своём королевском саду. Королевский сад был богат и разнообразен, словно сказочные ковры из красочных лепестков. Алисия ухаживала за его цветами так, словно она лично несет ответственность за каждый цветок. Она порой говорила со своими любимыми цветами, как с близкими друзьями и они отвечали на ее заботу своими запахом и красотой...