У «The end of Evangelion» есть две отброшенных концовки, концовка A и концовка B. В то время как концовка B была гораздо более мрачной, чем конец, присутствующий в финальном фильме, концовка A всё ещё очень похожа на ту, что была в «EoE», с наиболее заметной разницей в том, что последние слова Аски были изменены. Концовка А Вы уже знаете её начало (пляж, окаменевшие безголовые Евы и т. д.). Затем мы видим могилы, сделанные Синдзи (Анно заявил, что это он их сделал). На них написаны имена всех главных героев «Евы», за исключением Аянами Рей...