Начинается сражение фаворитов. Эпизод 66 "Человек, пробуждающий стихию! Тайдзюцу Густобровика: Стиль Саске!" Временные проблемы с Кабуто Гаара и Саске стоят друг на против друга, а тем временем, Какаши поднялся на зрительские места, встретившись с Сакурой(и Ино с Чоджи) и Гаем с Ли...

Событие второй части манги происходит спустя два с половиной года их странствий с Дзирайей. Вернувшийся в Коноху и повзрослевший Наруто стал более сильным и умным, но, в отличие от сверстников, остался в звании гэнина. Первой крупной миссией стало спасение похищенного группировкой Акацуки Гаары: в то время как Сасори был уничтожен Сакурой и Тиё, Наруто вместе с Какаси преследовал Дэйдару, которому всё-таки удалось сбежать, сымитировав свою смерть. Ослабленный использованием в погоне сярингана Какаси...