Событие второй части манги происходит спустя два с половиной года их странствий с Дзирайей. Вернувшийся в Коноху и повзрослевший Наруто стал более сильным и умным, но, в отличие от сверстников, остался в звании гэнина. Первой крупной миссией стало спасение похищенного группировкой Акацуки Гаары: в то время как Сасори был уничтожен Сакурой и Тиё, Наруто вместе с Какаси преследовал Дэйдару, которому всё-таки удалось сбежать, сымитировав свою смерть. Ослабленный использованием в погоне сярингана Какаси...

Эпизод 42 "Орочимару против Джинчуурики" Думающая чакра И вот начинается одна из эпичнейших серий, по крайней мере - в этой арке. Непосредственно сражение Наруто в своем мега-режиме с Орочимару. Про то, что эта чакра особенная, даже не в плане ее уникальности и мощи, а именно в плане необычности свойств, мы слышали ещё в конце 1ого сезона от Саске :"Она будто живая и может думать самостоятельно" - примерно к таким выводам пришел он, познакомившись с ней в бою. Ямато, наблюдая за происходящим, развивает эту мысль далее...