Событие второй части манги происходит спустя два с половиной года их странствий с Дзирайей. Вернувшийся в Коноху и повзрослевший Наруто стал более сильным и умным, но, в отличие от сверстников, остался в звании гэнина. Первой крупной миссией стало спасение похищенного группировкой Акацуки Гаары: в то время как Сасори был уничтожен Сакурой и Тиё, Наруто вместе с Какаси преследовал Дэйдару, которому всё-таки удалось сбежать, сымитировав свою смерть. Ослабленный использованием в погоне сярингана Какаси...

Эпизод 249 "Спасибо!" Вот я думаю, а что глобально изменилось от того, что Лис не под контролем Шарингана? Может быть, Обито опростоволосился со своим желанием немного покрушить Коноху, ведь, по сути, ему нужен был сам Лис, т.к Акацки уже сформирована, и Нагато на нашей стороне, а про то, что Гедо статуе нужен баланс, и Зверей лучше запечатывать по очереди - ещё неизвестно. Т.е очевидно, что целью Обито был именно захват самого сильного (и привязанного к его родной деревне) Биджуу, однако, сперва...