Как я уже написала в прошлой статье про постановку ПЦР, температура отжига - это ключевой фактор для этого процесса. Если она подобрана неправильно, может ничего не получиться. Температура отжига (annealing temperature) - это температура, при которой праймеры садятся на ДНК. И после этого, на следующей стадии удлинения цепи (elongation) начинается наращивание цепи, начиная с места, где сели праймеры. Если праймеры не сядут на ДНК, то наращивать будет нечего. Температура отжига варьирует в больших пределах, от 40С до 70С. Крайние температуры используются редко, чаще всего подходящая температура отжига от 50С до 65С...

Когда вы подготовили пробы к ПЦР, то надо их поставить в ПЦР машинку и запустить амплификацию. Чтобы это сделать, надо знать, каким протоколом следует пользоваться. У реакции ПЦР три основные фазы: (1) денатурация - нити ДНК расходятся, становятся одноцепочечными, чтобы на них могли сесть праймеры, (2) отжиг - присоединение праймеры, (3) элонгация - процесс наращивания цепи, то есть именно на этой фазе работает Taq-полимераза, присоединяя к растущей цепи нуклеотиды. На этой картинке изображено то, что происходит в пробирке во время ПЦР...