По сюжету фильм Крош и Ёжик отправляются на простую прогулку по Ромашковой долине. Неожиданно лучшие друзья натыкаются на необычное устройство, которое переносит их в виртуальную игру о мире будущего. Там они под видом детей летят на космическом корабле на Марс. Вскоре Крош и Ёж выясняют, что это не игра, а самая настоящая альтернативная реальность. Фильм «Смешарики сквозь вселенные» станет первым в истории франшизы гибридом анимации и игрового кино. Привычные анимационные персонажи, похоже, будут только в начале и финале картины...