Михаил Иванович был вторым сыном одного из последних удельных правителей – князя Ивана Воротынского, принадлежавшего к династии Рюриковичей. Отец Михаила был при Иване Грозном думным боярином. Как потомственный князь, Иван Михайлович Воротынский владел обширными земельными владениями, центрами которых были города Старый Одоев, Новосиль и Перемышль (сегодня одноимённое село в Калужской области). Летом 1534 года Иван Воротынский, ложно обвинённый в измене и тайном сговоре с литовцами, вместе со своими тремя сыновьями был арестован, лишён своего удела, а затем отправлен в ссылку в Белоозеро...

В 1608 году царский стольник Михаил Матвеевич Бутурлин вместе с некоторыми другими дворянами и стольниками перешёл из Москвы в Тушино на службу к Лжедмитрию II. В Тушинском лагере Михаил Бутурлин ревностно служил самозванцу. В 1610 году, когда самозванец вынужден был бежать из Тушина в Калугу, помогал ему в этом, заставил калужан принять Лжедмитрия. Воевода Калуги окольничий Иван Иванович Годунов был по приказу самозванца сброшен с башни, но остался жив. Тогда его отвезли на середину Оки и кинули...