Сюжет Великой небесной стены разделен на две разные под-истории. С одной стороны, у нас высокотехнологичный детский дом, в котором живут дети ничего не знающие о внешнем мире и вместо этого воспитываются по установленной образовательной программе. У них также есть медицинское подразделение, которое заботится о них. Однако, как и у любого другого высокотехнологичного объекта, у этого места есть свои секреты. Хотя многие из этих секретов раскрыты, мы до сих пор не знаем точно, каковы их цели или что они вообще делают...

«Великая небесная стена» — это увлекательная постапокалиптическая сэйнен-манга, которая представляет собой интересное переплетение двух параллельных историй. Одна из них рассказывает о приключениях парня Мару и его телохранительницы Кируко в опустошенном мире, где люди вынуждены жить в постоянной опасности, окруженные монстрами и людоедами, в поисках загадочного "Рая". Вторая история повествует о девушке Токио, которая живет в том самом «Рае» с заботливыми роботами, окруженном от внешнего мира гигантскими стенами...