Музей находится в здании бывшей мечети Падишах-Джами, которую также называют «Храм с аркадой». Здание из крымского известняка само по себе представляет интерес. Построено в начале 13 века, затем перестраивалось как минимум 4 раза. Не всегда являлось культовым зданием, используясь и по иному назначению. Храм с аркадой в разные периоды был мечетью (при сельджуках, а затем во время захвата Крыма османцами), православным храмом во имя Апостола Матфея (18 в.), молельным домом немцев-колонистов, генуэзской католической (при генуэзцах) и армянской церковью во имя Успения Божьей Матери (1883-1924)...

Об истории древнего греческого, а позднее скифского города Калос Лимен я рассказывал совсем недавно здесь: Античнное городище Калос Лимен находится на территории Историко-археологического музея-заповедника "Калос Лимен" на берегу бухты Узкая на северной окраине посёлка городского типа Черноморское.  Город занимал площадь около 3 га. Часть города сейчас находится под водой Чёрного моря в бухте, но сохранилось много уникальных античных построек: жилые дома, казармы солдат, башни, участки оборонительных стен и городская цитадель...