К сожалению, после турецко-азербайджанской агрессии Азербайджан полностью оккупировал Нагорный Карабах. Все музеи Арцаха были сразу же разграблены или уничтожены. Судьба экспонатов этого музея неизвестна. Арцахская освободительная война 1991-1994-х годов для арцахского армянства не была событием, происходящим где-то в одном из отдаленных уголков необъятной страны, за которым можно было наблюдать по телевидению. Вся страна находилась в состоянии войны: постоянно бомбилась, подвергалась авианалетам, иногда оккупировалась, потом освобождалась...