Эммануил Яковлевич родился 23 апреля 1857 года в Армянске (город на севере Крыма) в бедной семье. Рисовал с ранних лет и первым, кто обратил внимание на его работы, был Айвазовский. Он ободрил юношу своим советом готовиться к поступлению в Академию художеств в Петербурге. В 1878 году был принят в Академию художеств в Петербурге вольнослушателем. Окончил Академию в 1892 году. Во время обучения получил сначала малую, а затем большую серебряную медаль. После окончания три года жил в Феодосии, работая в мастерской Ивана Айвазовского...

Имя художника-мариниста, племянника Ивана Айвазовского, Эммануила Яковлевича Магдесяна мало известно любителям искусства. Искусствовед Рудольф Подуфалый считал: «Магдесян — не только крупный представитель школы Айвазовского. Он самый интересный его ученик и последователь, и в силу многосторонней органической, тесной “программной связи” с творчеством знаменитого мариниста и в силу внутреннего противостояния, подлинной самобытности, независимости искусства». Эммануил Яковлевич Магдесян родился 23 апреля 1857 года в городе Армянский Базар (современный Армянск) в бедной армянской семье...