Защитники музея сомневаются в честности проекта. На сайте храм78.рф завершилось голосование «Православный символ Санкт-Петербурга», организованное Санкт-Петербургской епархией. В опросе победил ГМП «Исаакиевский собор». Защитники Исаакия-музея усомнились в честности и открытости голосования. Так, на выбор храма-символа из 12 претендентов выделили всего 12 часов — 18 ноября с 08:00 до 20:00. Во время выбора не было видно, сколько голосов отдали за каждый из храмов. Противники передачи Исаакия церкви считают, что голосование нельзя считать объективным...

При взгляде на Исаакиевский собор, громадные двери и окна, огромный купол, высоченные ступеньки, возникают мысли, что такое здание могло быть построено для великанов. Мы, вдохновлённые столь смелым предположением, решили проверить, так ли это на самом деле. Для чего было построено здание такого размера и с такими пропорциями, кто и когда всё-таки его построил? Из официальной истории мы знаем, что собор был воздвигнут на нынешнем месте уже при Екатерине II вместо церкви, заложенной ещё Петром I, в честь Исаакия Далматского...