Музей начал свою историю в 1883 году с небольшой коллекции археологических находок. Первые экспонаты были простыми и нечисленными, однако уже тогда заложилось стремление сохранить и изучать минойское наследие Крита. Отдельное здание для музея выстроили в период с 1904 по 1912 год. Идея строительства принадлежала греческим археологам Йозифу Хадзидакису и Стефаносу Ксантудидису. Работа велась на месте разрушенного в 1856 году монастыря Св. Франциска, бывшего одним из самых значимых католических монастырей региона...