Поль Гоген родился в Париже 7 июня 1848 года. Его отец, Кловис Гоген (1814—1849), был журналистом в отделе политической хроники журнала Тьера и Армана Мара «Насьональ», одержимым радикальными республиканскими идеями; мать, Алина Мария (1825—1867), была родом из Перу из богатой креольской семьи. Её матерью была известная Флора Тристан (1803—1844), разделявшая идеи утопического социализма и опубликовавшая в 1838 году автобиографическую книгу «Скитания парии». В 1849 году, после неудавшегося антимонархического переворота, Кловис, не чувствуя себя в безопасности на родине, решил покинуть Францию...
Эжен Анри Поль Гоген появился на свет в Париже, в июне 1848 года. И практически сразу его отец Кловис Гоген решил перевезти семью в Перу. Начать новую жизнь в Южной Америке ему не довелось, в пути он внезапно скончался от разрыва аневризмы. Гоген с матерью нашли пристанище у богатых родственников в Лиме. Там прошли детские годы будущего художника, оставившие в душе самые яркие впечатления.
Когда для Поля Гогена подошло время для обучения, семья вернулась во Францию. В Орлеане он закончил католическую семинарию, которую, впрочем, ненавидел...