Мозаики и фрески из Помпеи и Геркуланума, как и другие археологические находки из погребённых извержением Везувия городов - ядро коллекции этого замечательного музея. Наиболее известная мозаика «Битва Александра Македонского с персидским царем Дарием». Эти мозаики, удивительно тонкие и выразительные, перенесены в музей из так называемого «Дома Фавна» в Помпеях. Копия этой небольшой бронзовой скульптуры до сих пор стоит на своем историческом месте в Помпеях Вот небольшая галерея мозаик: Есть мозаики весьма фривольных сюжетов...

Самые красивые мозаики расположены на верхнем уровне, также известном как гинеконитис, куда императрицы ходили во время богослужений. В православной иконографической традиции Деисис изображает Богородицу и Святого Иоанна Крестителя по обе стороны от Иисуса Христа, Сына Божьего, Которые обращаются к Христу с прошением о заступничестве Христа за человечество. Мозаика в Святой Софии датируется 1261 годом нашей эры. Кроме того, на Южной галерее расположены мозаики с портретами императоров. Деисис датируется концом 12 века, скорее всего, временем правления Мануила I Комнина...