Если у вас в программе ЗУП обособленное подразделение перестает быть обособленным, самое худшее, что вы можете сделать - это снять флаг обособленного подразделения. Так как истории этих изменений для объекта Подразделение не ведется - у вас полетит учет НДФЛ за всю историю существования этого подразделения, программа увидит, что вы все считали неправильно и надо было начислять НДФЛ по головной организации. Будет неприятно.