Кузнецкий Алатау находится на западном склоне хребта, занимая около 5% территории Кемеровской области. Горный массив состоит из горных массивов средней высоты, разделённых глубокими речными долинами. Наибольшее расчленение наблюдается в южной части, где расположены хребты верховьев рек Усы, Чёрного и Белого Июса, Верхней и Средней Терсей.