Духовная практика, вызывая изменения на уровне духа, инициирует перестройку и всей системы «человек» в целом. Поэтому каждому, кто занимался какой-либо духовной практикой , приходилось сталкиваться с разнообразными физиологическими расстройствами различной степени интенсивности - обострениями хронических заболеваний, с молниеносно развивающимися острыми процессами; проваливаться в депрессии; испытывать приступы эйфории; меняться внешне и внутренне. Это связано с тем, что духовное пробуждение, не смотря на позитивный характер изменений, происходящих на духовном уровне, вызывает нарушение «внутренней среды» в системе «человек». (Состояние системы стабилизируется только после полной обработки материала, поднятого при духовном пробуждении). Уровни системы вынуждены видоизменяться для того, чтобы система могла сохранять целостность и стабильность. Процесс «перестройки» в системе может происходить незаметно и спокойно, а может проявляться в виде каких-то дисфункций и сбоев в работе того, или иного уровня (или уровней).