После ухода из Lamborghini, Горацио Пагани взял ссуду, чтобы основать собственную консалтинговую компанию под названием Modena Design, которая через год стала Pagani Automobili — небольшой фабрикой уникальных автомобилей. Несмотря на то, что бренд был основан в 1992 году, на выпуск первого автомобиля ушло 7 лет. Zonda C12 начала испытания в аэродинамической трубе в 1993 г., в следующем году в Zonda появился 6,0-литровый V12 от Mercedes, и, наконец, машина была окончательно готова в 1999 году.