Все военкоматы это ФКУ, федеральные казённые учреждения. Финансируются из федерального бюджета. Поэтому, нужно передать исполнительный лист в управление федерального казначейства по региону, они спишут со счетов военкомата самостоятельно. Следует отметить, что районный военкомат не является юридическим лицом, а входит в структуру субъектового ВК (области, края, итд.). Поэтому, нужно обращаться в столицу субъекта РФ.