«Кузнецкий Алатау» - кладезь чистейшей воды, которая сосредоточена здесь в ледниках, снежниках, озерах, реках и болотах. Именно здесь берут свое начало многие правые притоки Томи – Верхняя, Средняя и Нижняя Терси, Тайдон, Чексу и многие другие. Также здесь берет свое начало одна из красивейших рек Сибири – Кия. В заповеднике десятки озер, в том числе и уникальные горно-ледниковые (самое крупное из которых – Рыбное, размеров 1000 х 500 метров). Здесь расположено и самое глубокое озеро области – Среднетерсинское, исток реки Средняя Терсь, глубиной 60 метров.