Археологическое изучение Денисовой пещеры продолжается уже не один десяток лет. Археологи разработали методику, позволяющую не пропустить в отложениях пещеры мельчайшие материалы, которые могут иметь значения при реконструкции культуры древних людей, населявших пещеру. Раскопки ведутся небольшими уровнями, а весь вынимаемый грунт промывается в ситах с разной величиной ячеек. Мельчайшие кости рыб, птиц и мелких млекопитающих могут быть важным маркёром климатической обстановки, которая окружала пещеру в разные периоды её обитания людьми и животными.