В XXVI веке случился глобальный катаклизм — 99% населения Земли было уничтожено страшным вирусом. Оставшиеся на планете люди объединились во враждующие между собой государства: Монику, где царит анархия, и Бренну, которой правит ученый-диктатор Тревор Гудчайлд, титан в человеческом образе, манипулятор и кукловод. Ему противостоит Эон Флакс, бесстрашная супергероиня-бунтарка из Моники.