ЛАЗ-699р отличался от предшественника не только длинной салона, но и мощностью движка, там сначала ставился Зил-375, а затем провели его глубокую ремоторизацию и установили дизельный ЯМЗ-236 6-цилиндровый. После ремоторизации ЛАЗ-699 стал более экономичным. Стала более стабильна кулиса переключения КПП, уже не так разбалтывалась как на 695. Система тормозов стала от КАМАЗ. Обдув пассажирских сидений включался с панели у водителя, на крыше были установлены два вентилятора, которые нагнетали воздух в воздуховоды, а водитель не включал их только по одной причине, повышенная нагрузка на генератор и соответственно повышенный расход топлива (актуально особенно для двигуна ЗИЛ-375). Автобус стал более комфортабельнее по сравнению с ЛАЗ-697 (тоже туристическим), радиус поворота стал меньше чем у ЛАЗ-697, да и по ходовым качествам, по мягкости хода стал лучше. А чтобы вентилятор радиатора летом не сосал пыль в салон, "кулибины" из реммастерских переделывали вентиляторы и переделывали шкивы (уменьшая их диаметр), с левого бока автобуса вырезалось окно и все, ни перегрева движка, ни пыли ни духоты в салоне, а на зиму все переставлялось обратно. Эти мероприятия с вентилятором радиатора проводились на всех ЛАЗах.