Основанию Казанского монастыря предшествовало явление Ярославской Казанской иконы Пресвятой Богородицы и связано оно с событиями Смутного времени. В апреле 1609 года началась осада Ярославля поляками. Спустя 24 дня поляки, понеся большие потери, сняли осаду и отступили от Ярославля. Жители города увидели в этом заступничество Божией Матери. За чудесное спасение города и в благодарность Пресвятой Богородице в 1610 г. ярославцы начали строительство деревянного храма. Основное каменное строительство обители началось в XIX веке. В советское время Казанский монастырь был полностью разграблен и частично разрушен, долгое время находился в запустении. В нем располагались склады, архив, планетарий. Кельи монахинь были перестроены под жилые помещения.