Присутствие органических мелких частиц может быть проблемой . Хотя частицы крупного размера (≥ 30 мкм) удаляются в системе благодаря БИО фильтру и механическому фильтру, проблема заключается в удалении более мелких взвешенных микро- и наночастиц . Как правило, частицы размером менее 30 мкм удаляются химическим путем посредством коагуляции и/или флокуляции. Озонирование также может удалять мелкие частицы. Однако применение озона приводит к удалению растворенных органических соединений и таким образом, лишает растения важных питательных веществ. До сих пор не существует технологии, которая могла бы эффективно удалять взвешенные частицы из стоков аквакультуры, сохраняя при этом ценные питательные вещества для растений. Поэтому работа по удалению мелких частиц с использованием угля самая проверенная и перспективная на сегодня.