В Японии будущего эксперт по роботам и глава проекта «Ковчег» создал робота Кикайдера. Жизнь шла неплохо, пока гений не умер, оставив после себя одни лишь загадки. Теперь цель Кикайдера — взять контроль над «Ковчегом», который отклонился от своей первоначальной миссии.