Фраза "сидеть на первой парте" означает, что человек воспользовался партой, словно табуреткой или стулом, для сидения на ней сверху. Сидеть за первой партой – это сидеть так, чтобы парта стояла перед сидящим, как положено сидеть ученику в классе с партами.