Цистерна Базилика, или по-турецки "Затонувший дворец", отличается от остальных подземных водохранилищ города обилием разномастных колонн, поднимающихся из воды. Это связано с усилением православия ко времени её возведения: античные храмы потеряли актуальность, и те из них, которые были разрушены землетрясениями, не восстанавливали, а разбирали на строительные материалы. Поэтому все колонны в Цистерне Базилика отличаются друг от друга сортами мрамора и видом обработки.