Дело существенно продвинулось с использованием компьютеров, которые позволяют имитировать достаточно сложные системы, однако и здесь, как правило, речь идет именно о моделях, т.е. о некоторых идеальных копиях живых систем, отражающих лишь некоторые их свойства, причем схематически. Компьютерные модели представляют собой подтип математических моделей и содержат «знания» об объекте в виде математических формул, таблиц, графиков, баз данных. Они позволяют изучать поведение системы при изменении внутренних характеристик и внешних условий, проигрывать сценарии, решать задачу оптимизации. Однако каждая компьютерная реализация соответствует конкретным, заданным параметрам системы. Имеются специальные журналы, посвященные работам в области математических моделей: Journal of Theoretical Biology; Biosystems; Mathematical Ecology, Mathematical Biology, System Biology etc. Работы по математическому моделированию печатаются практически во всех российских биологических журналах.