С осени 1612 года в кельях монастыря от поляков скрывался 16-летний Михаил Романов с матерью-монахиней Марфой, а 14 марта 1613 года в Троицком соборе Михаила Федоровича призвали на царство. С тех пор монастырь в Костроме называют колыбелью дома Романовых.