В 1921 году была сформирована Чудская военная флотилия по охране эстонско-латвийской границы республики (ОЭЛГР) при особом отделе ВЧК Петроградского военного округа. Флотилия должна была решиь проблему охраны водного рубежа на Псковско-Чудском озере. Формировалась она в крайне трудных условиях: вдали от центральных морских частей, при острейшем материальном кризисе. Штаб и казарма военморов разместились в Пскове. Базой флотилии служила бухта Раскопель. В составе флотилии имелось 11 различных катеров - по большей части старых, изношенных и нередко неисправных. Ежедневно службу несли лишь 5-6 катеров, остальные постоянно находились в ремонте. В 1925 году флотилия как самостоятельное подразделение прекращает функционировать, а катера были включены в состав 9-го Псковского пограничного отряда.