До революции Шелтозеро украшали два храма: деревянная церковь Преображения Господня, разрушенная в годы лихолетий, и церковь святого апостола Матфея, закрытая в 1930 году и переоборудованная под сельский Дом культуры. В 2000 году, когда в Вепсском крае началось возрождение Православия, храм был оборудован силами православного прихода в старом двухэтажном доме. Шелтозерская церковь во имя Рождества Христова размещается на первом этаже этого дома, когда-то принадлежавшего священнику Михаилу Васильевичу Смирнову, расстрелянному в апреле 1938 г.